氟甲砜黴素抗菌機理與氯黴素及甲砜黴素相同，主要通過抑制細菌70S核糖體與50S亞基的結合，抑制肽酰基轉移酶，從而抑制肽鏈的延伸，干擾細菌蛋白質的合成。

氟甲砜黴素的抗菌活性高于氯黴素及甲砜黴素，尤其對一些耐氯黴素及甲砜黴素的細菌仍然表現出較高的抗菌活性。畜牧及水生動物（魚、蝦、蟹、鰲、貝等）的各種急、慢性敏感細菌引起的感染性疾病。