氟甲砜霉素抗菌机理与氯霉素及甲砜霉素相同，主要通过抑制细菌70S核糖体与50S亚基的结合，抑制肽酰基转移酶，从而抑制肽链的延伸，干扰细菌蛋白质的合成。

氟甲砜霉素的抗菌活性高于氯霉素及甲砜霉素，尤其对一些耐氯霉素及甲砜霉素的细菌仍然表现出较高的抗菌活性。畜牧及水生动物（鱼、虾、蟹、鳌、贝等）的各种急、慢性敏感细菌引起的感染性疾病。